行政院於2026年5月14日召開「馬太鞍溪堰塞湖災後復原重建中央協調會報」，由政務委員陳金德主持。會中決議擴大馬太鞍溪堰塞湖災害受損車輛的補助範圍，將非營利團體納入慰助對象，以加速家園重建。每輛汽車補助10萬元，機車2萬元。
陳金德表示，先前未將非營利團體列入慰助對象，導致相關組織因災害受損車輛無法申請補助。因此，指示交通部修正「交通部馬太鞍溪堰塞湖災害受災戶車輛受損報廢登記慰助作業要點」，將非營利團體納入補助對象。
針對堰塞湖壩體降挖部分，農業部林業及自然保育署表示，蓄水量已降至約0.5萬立方公尺，並將持續掌握河道及降水變化。堤防復建部分，經濟部水利署表示，馬太鞍溪右岸的光復堤防已於4月完成復建，後續將施作高規格堤防及第二道堤防；左岸的明利堤防、萬榮堤防保護工預計5月底完工。馬太鞍溪及花蓮溪累積疏濬量已達2,210萬立方公尺。
交通部公路局說明，馬太鞍溪鋼便橋將於水位及雨量達警戒值時啟動預警封橋機制，並新增雷達回波系統，擴大觀測範圍。永久橋進度目前超前4.1%，目標於2026年底前達成北上橋梁雙向通車。農業部規劃，一般受災區目標於年底前復耕150公頃，難以復耕的重災區則提供地主「土地價購」與「補助造林」雙軌方案。
